- สำนักอำนวยการ
- สำนักการคลังและสินทรัพย์
- สำนักติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- สำนักทดสอบทางการศึกษา
- สำนักเทคโนโลยีเพื่อการเรียนการสอน
- สำนักนโยบายและแผนการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ
- สำนักพัฒนานวัตกรรมการรจัดการศึกษา
- สำนักพัฒนาระบบบริหารงานบุคคลและนิติการ
- สำนักวิชาการและมาตรฐานมาตรฐานการศึกษา
- สำนักนิติการ
- สำนักพัฒนากิจกรรมนักเรียน
- สำนักงานกองทุนเพื่อโครงการอาหารกลางวัน
- สำนักพัฒนาการศึกษาเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้
- สำนักบริหารงานการมัธยมศึกษาตอนปลาย
- สำนักงานบริหารพื้นที่นวัตกรรมการศึกษา
- สำนักบริหารงานความเป็นเลิศด้านวิทยาศาสตร์ศึกษา
- สำนักการคลังและสินทรัพย์ สพฐ.
- สำนักทดสอบทางการศึกษา
- กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
- กลุ่มตรวจสอบภายใน
- กลุ่มสารสนเทศ
- กลุ่มออกแบบและก่อสร้าง
- กลุ่มวิจัยพัฒนากฎหมายฯ
- กลุ่มวิจัยเสริมสร้างพัฒนาวินัยฯ
- หน่วยศึกษานิเทศก์
- ศูนย์สารนิเทศ สพฐ.
- ศูนย์บริหารความสุขและความปลอดภัย สพฐ.
- ศูนย์พัฒนาคุณภาพการศึกษาด้วยเทคโนโลยีการศึกษาทางไกล
- ศูนย์บริหารงานการพัฒนาศักยภาพบุคคลเพื่อความเป็นเลิศ